Для того, чтобы, вместо windows терминала (cmd.exe) использовать оболочку контейнера docker, нужно сконфигурировать terminal в PhpStorm следующим образом:
Для этого перейдем в File -> Settings -> Tools -> Terminal -> Shell path
Пример:
При вызове новой вкладки в PhpStorm откроется терминал контейнера.
Рекомендую к прочтению статью по настройке PhpStorm с xDebug + Docker.
PhpStorm + Docker + Xdebug или можно скачать pdf.